Małgorzata Kożuchowska urodziła się we Wrocławiu w 1971 roku.
W 1994 roku została absolwentką warszawskiej PWST i od tego czasu występowała w Teatrze Dramatycznym w Warszawie.
Zagrała m.in. w "Magii grzechu", "Jak wam się podoba", w "Operze żebraczej", w "Poskromieniu złośnicy", w spektaklu "Obsługiwałem angielskiego króla", w "Tonacji blue, czyli Blue Room" (2000), współpracując z wieloma wybitnymi reżyserami.
W roku 2000 wystąpiła w irlandzkim w spektaklu "It Come Up Sun" w reżyserii Paula Merciera.
Od 2005 roku jest aktorką Teatru Narodowego w Warszawie, gdzie zagrała w "Błądzeniu" (jeszcze gościnnie w 2004 r.) i "Kosmosie" (2005).

Opisując jej dokonania w filmie, należałoby zauważyć, że pojawiła się w filmie "Młode wilki" Jarosława Żamojdy i w dramacie o podłożu sensacyjno-politycznym "Gry uliczne" w reżyserii Krzysztofa Krauzego. Największą jednak popularność aktorki filmowej przyniosła jej rola w "Kilerze" Juliusza Machulskiego. Wystąpiła też w jego kontynuacji "Kiler-ów 2-óch", a także w filmie "Wtorek" Witolda Adamka.
Małgorzata Kożuchowska jest też aktorką telewizyjną. Wystąpiła w wielu spektaklach Teatru Telewizji, m.in. "Boso, ale w ostrogach" (1996), "Ciężkie czasy" (1997), "Zagłada ludu albo Moja wątroba jest bez sensu" (1998), "Mizerykordia" (2000) oraz "Złodziejki chleba".
Zagrała również w kilku serialach, jednak kolejną falę popularności - tym razem znacznie trwalszej - zapewniła jej rola Hanki Mostowiak w serialu "M jak Miłość".
Jej dokonania artystyczne nie przeszły bez echa. Była laureatką wielu nagród. Otrzymała m.in. nagrodę warszawskiej Akademii Teatralnej dla absolwentki, która w 5 lat po jej ukończeniu osiągnęła najlepsze wyniki w zawodzie (1999). 
Jest również laureatką "Złotej Kaczki" (2004) i "Telekamery" (2004).