Są wątki główne (dwa) i poboczne w większości prowadzące do głównych.

Jak najbardziej jest główny wątek - walka z Goa'uldami, który jest absolutnie dominujący przez 8 sezonów i poboczny w 2 ostatnich, gdzie dominuje walka z Ori. Ponadto są wątki innych wrogów, którrzy nie pojawiają się natychmiast, ale na początku III sezonu i trwają chyba do VII albo VIII. Walka z oboma wrogami na końcu się przeplata. Ponadto replikatory jak najbardziej się rozwijają - zdobywają nowe zdolności i postacie, tworząc sobie świadomych repli-ludzi jako swoich przywódców. Jeśli chodzi o Goa'uldów - nie są oni 1 bezimienną masą. Na liście głównych wrogów zmieniają się Apofis, Sokar, Ba'al i Anubis, a każdy kolejny jest coraz ciekawszy.
Poza ww. są również rozwijane wątki sojuszników - Tollan, Asgardu, Tok'Ra i Noxów i (wymarłych, ale przydatnych) Pradawnych. Ponadto jest pewna liczba odcinków, które nie mają związku z akcją i mogłyby zostać umieszczone w dowolnym sezonie, ale też niektóre mają wpływ na akcję dopiero dużo później.

Można było to napisać bez zdradzania fabuły ;)