Próbuję sobie to wytłumaczyć tym, że bomba trafiła w Pantalaimona, że Magisterium był jednak w posiadaniu włosia tego futrzaka, a nie Lyry.

A nie chodziło o to, że bomba namierzała, ale nie śledziła? Od momentu wystrzału minęło kilka momentów, jeszcze to przechodzenie międzywymiarowe. W ogóle myślałem, że ta bomba nie powinna zadziałać... raz bo to pierwszy prototyp, a dwa Lyra, była w krainie umarłych, zatem dla reszty powinna nie żyć.
A nawet jeśli nie, to po prostu tak, bo albo tekst źródłowy to mówi, albo luka scenariusza, bo trzeba skończyć serial

Przecież w odcinku było wyraźnie pokazane, co miało miejsce. Matka rozbroiła po części bombę, wyciągając z niej pukiel włosów córki. Jednakże zablokowany system, którego bez klucza nie szło już wyłączyć, namierzył świat (umarłych) w jakim znajdowała się Lyra.
Poza tym Lyra żyła, bo nie rozpłynęła się jak pozostałe dusze po przekroczeniu "bramy"