Battletoads po raz kolejny muszą powstrzymać przebiegłą Dark Queen, której tym razem w przejęciu władzy nad wszechświatem pomaga Silas Volkmire.
Połączone siły żab Battletoads oraz braci Double Dragon stają do walki przeciw sojuszowi złej Dark Queen z wojownikami Shadow Warriors.
Księżniczka i eskortujący ją humanoidalny płaz zostają porwani przez Królową Ciemności. Oddani przyjaciele wyruszają im na ratunek.