Harry Potter (Daniel Radcliffe) powraca do Hogwartu, aby ponownie zmierzyć się z niebezpieczeństwem, tym razem zagrażającym również jego najlepszej przyjaciółce. Podczas drugiego roku pobytu w Szkole Magii i Czarodziejstwa młody Potter spotyka starych wrogów, poznaje nowego nauczyciela, odkrywa w sobie kolejne zdolności, unika śmierci z rąk domowego skrzata chcącego za wszelką cenę uratować mu życie i wraz z dwójką swoich przyjaciół, Ronem (Rupert Grint) i Hermioną (Emma Watson) znów udaje mu się rozwiązać trudną zagadkę.

Kończą się wakacje i Harry (Daniel Radcliffe) ma wrócić do Hogwartu, jednak coś uniemożliwia jemu i Ronowi (Rupert Grint) przedostanie się na peron. Jak się później okazuje, to sprawka skrzata domowego Zgredka (Toby Jones), który z jakiś powodów nie chce, żeby Potter znalazł się w szkole. Wykorzystując latający samochód ojca (Mark Williams) dwójka przyjaciół dociera do Hogwartu, gdzie wkrótce zaczynają się dziać dziwne rzeczy. Kilku uczniów będących dziećmi mugoli (tzw. szlamy) zostaje spetryfikowanych. Wiadomo, że zrobił to dziedzic Slytherinu, otwierając Komnatę Tajemnic i wypuszczając z niej straszliwą bestię. Podejrzenia padają na Harry'ego, gdyż posiada rzadki dar rozmawiania z wężami, podobnie jak Lord Voldemort. Szkole grozi zamknięcie, a Hagrid (Robbie Coltrane) trafia do więzienia w Azkabanie. Harry i jego przyjaciele muszą się podjąć rozwiązania zagadki Komnaty Tajemnic.

Harry Potter wraca po pierwszym roku nauki w Szkole Magii i Czarodziejstwa na Privet Drive. Pewnego dnia odwiedza go Zgredek - domowy skrzat. Ostrzega chłopca przed strasznymi wydarzeniami, które mają nastąpić w Hogwarcie. Harry ignoruje ostrzeżenia i wraca do szkoły. Wkrótce kotka woźnego Filcha zostaje spetryfikowana, a na ścianie pojawia się tajemniczy napis. Po Hogwarcie rozchodzą się różne plotki i podejrzenia, ale prawdziwa panika ogarnia szkołę dopiero wtedy, gdy pojawiają się nowe ofiary. Harry i jego przyjaciele próbują odkryć tajemnicę dziwnych ataków. Niedługo potem siostra Rona - Giny - zostaje porwana do tytułowej Komnaty Tajemnic. Harry, Ron i profesor Lokchart ruszają jej na ratunek...

Samochody latają, drzewa walczą, a tajemniczy skrzat przychodzi do Harry'ego Pottera by go ostrzec. Tak zaczyna się drugi rok jego niezwykłej podróży do świata magii. W tym roku w Hogwarcie pająki mówią, listy krzyczą. Niezwykła umiejętność Harry'ego, dzięki której porozumiewa się on z wężami, sprawia, że przyjaciele odwracają się od niego. Zapowiada się rok pełen przygód i niebezpieczeństw, poczynając od Klubu Pojedynków, złośliwego tłuczka aż do chwili, gdy na ścianie pojawi się krwawy napis obwieszczający, że Komnata Tajemnic została otwarta. Przedstawione w tej czarownej adaptacji drugiej części serii przygód Harry'ego Pottera ocalenie Hogwartu będzie wymagało od Harry'ego, Rona i Hermiony połączenia ich magicznych umiejętności, a także niezwykłej odwagi.

Mały osierocony czarodziej Harry Potter rozpoczyna drugi rok nauki w szkole Magii i Czarodziejstwa Hogwart. W czasie wakacji w domu odwiedza go skrzat Zgredek, ostrzegając, że w szkole w tym roku będzie niebezpiecznie i lepiej, żeby tam nie jechał. Niebawem Harry ucieka z domu do państwa Wesley'ów. Na dworcu Harry nie może przedostać się do świata czarodziejów (przejście zablokował Zgredek), ale Harry i jego przyjaciel Ron dostają się do szkoły latającym samochodem. Wkrótce w szkole zaczynają się dziać dziwne rzeczy. Kilka osób, kotka Flicha i duch zostają spetryfikowani, a wina za wszystko spada na Harrego. Okazuje się także, że Harry posiada rzadką umiejętność rozumienia mowy wężów. To sprawia, że słyszy dziwne słowa roznoszące się po zamku, których nikt poza nim nie słyszy. Na ścianach po atakach pozostaje napis "Dziedzic Stytherina", a podejrzenia o tym, kim jest rzekomy dziedzic padają na Malfloy'a. Wkrótce potwór, który dokonał ataków, porywa Ginny, siostrę Rona. Hermiona także zostaje spetryfikowana. Jednak dzięki jej pomocy (Hermiona odkrywa sprawcę ataków) Harry wyrusza, aby poszukać potwora. Jest nim bazyliszek, ogromny wąż, który zabija ludzi wzrokiem. Harry dowiaduje się, że bazyliszek zaatakował 50 lat temu Jęczącą Martę, ducha, który znajduje się w toalecie…

W domu przy Privet Drive 4, odwiedza Harry'ego skrzat domowy o imieniu Zgredek. Ostrzega on go, żeby nie wracał w tym roku do Hogwartu, ponieważ będą się tam dziać straszne rzeczy. Harry nie słuchając Zgredka, ucieka z domu latającym samochodem razem z Ronem i jego braćmi-bliźniakami. Wkrótce okazuje się, że skrzat miał rację. Na korytarzu odnaleziona zostaje spetryfikowana kotka - Pani Noriss, a napis nad nią głosi, że "Komnata Tajemnic" została otwarta ponownie. Według legendy, Salazar Slytherin jeden z założycieli Hogwartu stworzył tajemną komnatę, gdzie umieścił strasznego potwora - bazyliszka, który poluje na wszystkie szlamy i mugolaki ze szkoły zabijając wzrokiem. Komnata może zostać otwarta tylko przez prawowitego potomka Slytherina. Gdy ofiar spetryfikowania jest co raz więcej, Harry wraz z przyjaciółmi próbuję ocalić szkołę. Odnajduje on dziennik Toma Riddle'a, w którym zapisane jest kto otworzył Komnatę Tajemnic 50 lat temu. Lecz zostaje porwana do komnaty tajemnic siostra Rona - Ginny, którą omamił właśnie Tom Riddle. Okazuje się, że jest on... Lordem Voldemortem z młodości. W tym filmie Harry Potter zmierzy się z Bazyliszkiem, Wielkimi pająkami i wściekłym tłuczkiem, a także pozna Jęcząca Martę, Feniksa i skrzata domowego. Będzie musiał znów stawić czoła ciężkim wyzwaniom i niebezpiecznym pułapkom, by wygrać i przeżyć kolejne spotkanie z Lordem Voldemortem...

W Hogwarcie rozpoczyna się nowy rok szkolny. Harry Potter (Daniel Radcliffe) i jego przyjaciel Ron Weasley (Rupert Grint) przybywają do szkoły latającym samochodem. Zeszłoroczne wyczyny uczyniły z Harry'ego bohatera, choć nie sprawiły, aby udało mu się pozbyć dawnych wrogów. O względy chłopca zabiega nawet Gilderoy Lockhart (Kenneth Branagh), nowy nauczyciel obrony przed czarną magią. Tymczasem profesor Albus Dumbledore (Richard Harris) ostrzega, że w murach akademii czai się zło. Na jednej ze ścian pojawia się złowieszczy napis głoszący, że legendarna Komnata Tajemnic została otwarta. Wkrótce zaczynają się tajemnicze ataki na uczniów mugolskiego pochodzenia. Harry musi dowiedzieć się, kto kontroluje mroczne siły opanowujące Hogwart. Pomagają mu Ron i Hermiona Granger (Emma Watson). Przyjaciele myślą początkowo, że Dziedzicem Slytherina jest Draco Malfoy (Tom Felton). Nie podejrzewają nawet, że w sprawę wmieszana jest młodsza siostra Rona, Ginny (Bonnie Wright), która przypadkowo weszła w posiadanie dziennika Toma Marvolo Riddle'a (Christian Coulson).