Przeciętny nastolatek, Peter Parker (Tobey Maguire) przeistacza się w superbohatera pod wpływem ukąszenia przez radioaktywnego pająka. Kiedy jego ukochany wuj zostaje brutalnie zamordowany przez włamywaczy, Peter przysięga sobie, że użyje swoich niezwykłych sił, aby pomścić jego śmierć. Znany odtąd jako "Spider-Man", Peter rozpoczyna walkę ze zbrodnią, co prowadzi do nieuchronnego konfliktu ze złowrogim Zielonym Goblinem.

Historia Petera Parkera, studenta i fizycznego geniusza w dzień, a "po godzinach" zamieniającego się w superbohatera, Spider-Mana, walczącego ze złem na ulicach (i nie tylko!) Nowego Jorku. Stał się nim na skutek dziwnego przypadku: w czasie szkolnej wycieczki został ukąszony przez genetycznie zmodyfikowanego super-pająka. Nazwę tę otrzymał, gdy, chcąc zebrać pieniądze na klasyczny samochód w celu zrobienia wrażenia na ukochanej Mary Jane Watson, wystąpił w zapasach. Film opowiada o jego walce ze złośliwym i sprytnym Zielonym Goblinem.

Peter to przeciętny chłopak mieszkający na przedmieściach miasta. Pewnego dnia jedzie z klasą na wycieczkę do muzeum pająków. Tam zostaje ugryziony przez jadowitego owada, który uciekł z terrarium. Od tego momentu zauważa pewne znaczne zmiany fizyczne i psychiczne. Jest sprawniejszy fizycznie (umie skakać po ścianach), a z dłoni może strzelać pajęczyną. Zaczyna domyślać się, że zmienia się w pająka. Od tej pory postanawia wykorzystać swoje moce w walce ze złem.

Peter Parker (Tobey Maguire) jest szkolnym ofermą, wychowuje go wujek Ben (Cliff Robertson) wraz z ciocią May (Rosemary Harris). Nikt Petera w szkole nie darzy większym szacunkiem oprócz kolegi Harryego Osborna (James Franco) i koleżanki z sąsiedztwa Mary Jane Watson (Kirsten Dunst), w której Peter potajemnie podkochuje się. Ten stan rzeczy diametralnie ulega zmianie, gdy Peter podczas szkolnej wycieczki do laboratorium zostaje ukąszony przez zmutowanego pająka. Peter od tej pory posiadł umiejętności wszystkich gatunków pajęczaków. Postanawia je wykorzystać w celu zaimponowania MJ. Mianowicie bierze udział w walkach na ringu, by za zarobione pieniądze kupić sobie samochód. Jednak gdy po wygranej walce Spider-Man nie dostaje obiecanych pieniędzy, wpada w szał. Nawet pozwala uciec przestępcy, który obrabował dawnego pracodawcę. Sytuacja ta mści się na Peterze. Gdy wraca do domu jest świadkiem morderstwa wujka Bena przez tego oprycha, którego kilka minut wcześniej wypuścił. Parker postanawia zemścić się, znajduje mordercę i dopełnia zemsty. Od tej chwili w Nowym Jorku pojawia się suberbohater, który tępi zło oraz pomaga potrzebujących. Jednak tym razem przeciwnikiem Spider-Mana będzie ktoś o wiele bardziej wymagający, Zielony Goblin, który w wyniku eksperymentu opanował ciało Normana Osborna (Willem Dafoe), ojca Harrego. Spider-Man musi stawić czoła nowemu wyzwaniu.

Głównym bohaterem filmu jest Peter Parker (Tobey Maguire), niczym nie wyróżniający się nastolatek. Pewnego dnia podczas szkolnej wycieczki Peter zostaje ugryziony przez radioaktywnego pająka. Od tamtej pory w jego ciele zachodzą nieodwracalne zmiany. Peter spostrzega, że urosły mu mięśnie i stał się o wiele bardziej sprawny niż przedtem. Najpierw popisuje się przed swoją szkolną miłością – Mary Jane Watson (Kirsten Dunst), jednak gdy zostaje zamordowany jego wujek, Peter postanawia wykorzystać swoje zdolności w zwalczaniu przestępców. Od tej pory jako Spider-Man po kolei rozprawia się z bandytami, tym samym szybko zdobywając popularność. Wkrótce na horyzoncie pojawia się nowy przeciwnik – Norman Osborn (Willem Dafoe). On również przechodzi metamorfozę – staje się Zielonym Goblinem, który zaczyna siać spustoszenie w mieście. Sytuacja staje się jeszcze bardziej dramatyczna, gdy Goblin w imię własnych interesów porywa Mary Jane...

Peter Parker (Tobey Maguire) jest zwyczajnym nastolatkiem uwielbiającym naukę. Jego życie zmienia się gdy podczas jednej z wycieczek szkolnych zostaje ugryziony przez radioaktywnego pająka. Młodzieniec zyskuje nowe zdolności, staje się silniejszy i zwinniejszy. Gdy jego wujek zostaje zamordowany, Peter decyduje się walczyć z przestępczością jako Spider-Man. Będzie musiał zmierzyć się z szalonym Zielonym Goblinem (Willem Dafoe).

W trakcie szkolnej wycieczki, podczas której młodzież miała zapoznać się z życiem pająków, Petera Parkera gryzie genetycznie zmodyfikowany pająk. Niedługo potem chłopak odkrywa, że posiada niezwykłe moce. Jest silny i zręczny jak pająk, posiada też swoisty, pajęczy "szósty zmysł". Początkowo Peter wykorzystuje swe moce do wzbogacenia się, kiedy jednak spotyka go osobista tragedia przysięga, że poświęci resztę swojego życia na walkę ze zbrodnią.