Scenariusz filmu przypomina labirynt, a sam Lynch określił go jako horror film noir XX wieku. W największym uproszczeniu są to dwie historie. Pierwsza rozgrywa się w domu muzyka jazzowego, który podejrzewa swą żonę Rene o niewierność. Morduje ją, a następnie zostaje skazany na śmierć. Znika jednak z więziennej celi. Na jego miejscu pojawia się mechanik samochodowy. To on jest bohaterem drugiej historii, w której przeżywa namiętną miłość do kochanki gangstera - Alice. Rene i Alice są grane przez tę samą Aktorkę, będącej w Zagubionej autostradzie symbolem amoralnej i destrukcyjnej femme fatale, pełnej seksu i tajemnicy.
Taki jest zresztą i cały film, wizualnie piękny, dźwiękowo niezwykle wysmakowany, pełen fabularnych zagadek. Ale Lynchowi zawsze zależało na pobudzaniu u widza aktywnego poczucia tajemnicy, a nie na rozwiązaniu zagadek fabuły.