Jonathan Nolan urodził się 4 czerwca 1976 roku w Londynie, a wychował w okolicach Chicago, w Stanach Zjednoczonych. Jego matka jest Amerykanką, a ojciec Anglikiem. Jonathan uczęszczał do Loyola Academy w Wilmette, którą ukończył w 1994, a następnie do Georgetown University, który ukończył w 1999 roku. Rok później zaliczył głośny debiut, pisząc scenariusz do obsypanego nagrodami "
Memento" - którego współscenarzystą i reżyserem był jego brat -
Christopher Nolan. Jego współpraca z bratem zaowocowała scenariuszami do takich hitów, jak "
Prestiż" z 2006 roku, "
Mroczny rycerz" z 2008 roku i najnowszym dziełem braci - "
Mroczny Rycerz powstaje".