Nagrody
50Oscary
Oscar - Najlepszy aktor pierwszoplanowy za Birdman (2014)
Złote Globy
Złoty Glob - Najlepszy aktor w serialu limitowanym, serialu antologii lub filmie telewizyjnym za Lekomania (2021)
Złoty Glob - Najlepszy aktor w miniserialu lub filmie telewizyjnym za Na żywo z Bagdadu (2002)
BAFTA
BAFTA - Najlepszy aktor pierwszoplanowy za Birdman (2014)
Emmy
Emmy - Najlepszy aktor w serialu limitowanym, antologii lub filmie telewizyjnym za Lekomania (2021)
Saturny
Saturn - Najlepszy aktor za Beetlejuice Beetlejuice (2024)
Saturn - Najlepszy aktor drugoplanowy za Flash (2023)
Saturn - Najlepszy aktor drugoplanowy za Spider-Man: Homecoming (2017)
Saturn - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Saturn - Najlepszy aktor drugoplanowy za Sok z żuka (1988)
Critics' Choice Awards
Critics' Choice - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Critics' Choice - Najlepszy aktor w komedii za Birdman (2014)
Teen Choice
Teen Choice - Ulubiona filmowa scena grozy za Głosy (2005) - za scenę, w której Jonathan wpatruje się w telewizor, kiedy pojawiają się duchy
Satelity
Satelita - Najlepszy aktor w komedii lub musicalu za Beetlejuice Beetlejuice (2024)
Satelita - Najlepszy aktor w miniserialu, serialu limitowanym lub filmie telewizyjnym za Lekomania (2021)
Satelita - Najlepszy aktor drugoplanowy za Spotlight (2015)
Film Independent
Nagroda Specjalna - Nagroda im. Roberta Altmana za Spotlight (2015)
MTV
Złoty Popcorn - Najlepsza scena walki za Birdman (2014) - Riggan Thomson vs. Mike
Złoty Popcorn - Najlepszy pocałunek za Powrót Batmana (1992)
AACTA - Nagrody Międzynarodowe
Miedzynarodowe AACTA - Najlepszy aktor zagraniczny za Birdman (2014)
Amerykańska Gildia Aktorów Filmowych
Aktor - Najlepszy aktor w filmie telewizyjnym lub serialu limitowanym za Lekomania (2021)
Aktor - Najlepszy filmowy zespół aktorski za Proces Siódemki z Chicago (2020)
Aktor - Najlepszy filmowy zespół aktorski za Spotlight (2015)
Aktor - Najlepszy filmowy zespół aktorski za Birdman (2014)
Aktor - Najlepszy aktor w roli głównej za Birdman (2014)
Aktor - Najlepszy aktor w filmie telewizyjnym lub miniserialu za Firma CIA (2007)
Amerykańska Gildia Producentów Filmowych
Złoty Laur - Nagroda im. Davida L. Wolpera dla najlepszego producenta serialu limitowanego lub antologii za Lekomania (2021)
Amerykański Instytut Filmowy
Lista 100 największych bohaterów i złoczyńców wszech czasów (rok 2003) - I - 046. miejsce wśród bohaterów za Batman (1989) - Batman
Amerykańskie Stowarzyszenie Krytyków Filmowych (NSFC)
NSFC - Najlepszy aktor za Sok z żuka (1988), Czysty i trzeźwy (1988) także za: Sok z żuka (1988) , Czysty i trzeźwy (1988)
Bostońskie Stowarzyszenie Krytyków Filmowych
BSFC - Najlepszy aktor pierwszoplanowy za Birdman (2014)
Critics’ Choice Television
Critics’ Choice Television - Najlepszy aktor w filmie telewizyjnym lub serialu limitowanym za Lekomania (2021)
Gotham
Nagroda Specjalna - Nagroda specjalna Jury dla najlepszej obsady za Spotlight (2015)
Nagroda Gotham - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Internetowe Towarzystwo Krytyków Filmowych (OFCS)
OFCS - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Kids Choice
Sterowiec - Ulubiony czarny charakter za Beetlejuice Beetlejuice (2024)
National Board of Review
NBR - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Chicago (CFCA)
Chicago Flame - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Denver (DFCS)
DFCS - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Florydy (FFCC)
FFCC - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z Georgii (GAFCA)
GAFCA - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z San Diego (SDFCS)
SDFCS - Najlepszy występ komediowy za Beetlejuice Beetlejuice (2024)
SDFCS - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Krytyków Filmowych z San Francisco (SFBAFCC)
SFBAFCC - Najlepszy aktor za Birdman (2014)
Stowarzyszenie Nowojorskich Krytyków Filmowych
NYFCC - Najlepszy aktor pierwszoplanowy za Spotlight (2015)
TCA
TCA - Indywidualne osiągnięcie w serialu dramatycznym za Lekomania (2021)