"Sailor Moon R" to druga część serii anime o pięknej wojowniczce w marynarskim mundurku, broniącej świata przed złem. Część ta składa się właściwie z dwóch odrębnych tematycznie części.
W pierwszej poznajemy parę Obcych o imionach Ail i Ann, którzy ukrywają się pod ludzkimi postaciami rodzeństwa Seijuurou i Natsumi Ginga. Ich celem jest zdobycie jak największej ilości ludzkiej energii na potrzeby Drzewa Zła i Ciemności.
Natomiast w drugiej części (rozpoczynającej się od sześćdziesiątego odcinka) pojawia się Chibi - Usa przysłana z przyszłości, z XXX-wiecznego Kryształowego Tokio, by zdobyć pomoc Czarodziejek potrzebną do obrony jej miasta przed Bractwem Czarnego Księżyca. Ci jednak przybywają zaraz za Chibi - Usą z przyszłości, dowodzeni przez księcia Diamanda i tajemniczego Mędrca. Bractwo chce opanować już teraz ważne punkty Tokio, aby tym samym zapewnić sobie zwycięstwo w XXX-wieku.

Po zwycięstwie z królową Metalią w ciele królowej Beryl dusze czarodziejek, jak niegdyś za czasów kresu Srebrnego Milenium powróciły na ziemię i jeszcze raz wcieliły się w ciała znanych nam już dziewczyn. Jedyną osobą, która pamięta dramatyczne wydarzenia z walk z królestwem ciemności jest Usagi Tsukino, która postanawia zebrać pozostałe dziewczyny znów po swojej stronie a jest i ku temu powód, albowiem na Ziemię przybyli Ali oraz Ann którzy odbierają energię życiową ludzią by nakarmić drzewo zła. Drugim o wiele poważniejszym przeciwnikiem jest Bractwo Czarnego Księżyca, które chce zająć odpowiednie miejsca strategiczne w Tokio, co umożliwi mu zwycięstwo w XXX wieku z którego przybyło...

Usagi Tsukino i jej przyjaciółki żyły w pokoju, dopóki nie zostały ponownie wezwane do działania jako planetarne wojowniczki walczące o pokój na ziemi. Usagi, znana również jako Czarodziejka z Księżyca, prowadzi swoją drużynę do bitwy, gdy pojawia się nowe zagrożenie spoza gwiazd: dwoje ocalałych z obcej rasy, An i Ail. Aby ocalić źródło swojej siły życiowej, Drzewo Makai, An i Ail zaczynają zbierać energię od niczego nie podejrzewających ludzi. Czarodziejki mają zadanie powstrzymać zagładę Ziemi.
Ale gdy jedno zagrożenie mija, pojawia się drugie - tym razem w postaci małej dziewczynki z przyszłości, która szuka źródła mocy Czarodziejki z Księżyca, by ocalić swoją rodzinę. Jednak nie jest jedyną osobą, która o nią walczy, ponieważ grupa znana jako Klan Czarnego Księżyca również pragnie zdobyć moc i wykorzystać ją do nikczemnych celów. Aby chronić swoje przeznaczenie i harmonię wszechświata, Usagi i reszta Czarodziejek muszą walczyć, aby powstrzymać te siły przed zwycięstwem.