Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Szeryf Ulysses odkrywa mroczne sekrety pozornie spokojnego miasteczka Normal i zostaje zmuszony, by przywrócić w nim sprawiedliwość — nawet jeśli oznacza to sięgnięcie po brutalne środki.
Po przetrwaniu śmiertelnie niebezpiecznej gry Grace i jej siostra Faith muszą wyprzedzić cztery rywalizujące ze sobą rodziny walczące o tron rady kontrolującej świat.