Joe "Shinobi" Musashi, mistrz sztuk walki i skradania powraca jeszcze bardziej potężniejszy i zabójczy! Odwieczny wróg Musashiego, Neo Zeed, po wielkiej bitwie w Neo City odbudowuje swoją organizację w Japonii. Joe nie ma wyboru i decyduje się ostatecznie zniszczyć, coraz to potężniejsze moce zła.