Kiedy barbarzyńcy z innych wymiarów pod dowództwem Shao Kahna terroryzują Królestwo Ziemi, Lord Raiden postanawia raz na zawsze zakończyć tę okrutną rzeź. Rozwiązaniem tego problemu ma być ostateczny turniej Mortal Kombat, który zdecyduje o dalszych losach Ziemi. Aby pokonać wrogów zostaje powołana specjalna elitarna drużyna Raidena, składająca się z Johnny'ego Cage'a, Sonyi Blade, Liu Kanga i kilku nowych odważnych bohaterów, którzy ryzykując swoje życie stawią czoła najbardziej krwiożerczym bestiom z innego świata. Stawka jest wysoka. Czy dobro zwycięży?

Grupa bohaterów jest oblegana przez siły Shao Kahna. Zmusza on Raidena i jego wojowników do pójścia na ugodę oraz udział w finałowym turnieju Mortal Kombat, który zdecyduje o losie wszystkich światów. W tym samym czasie Scorpion musi odnaleźć pradawny artefakt zwany Kamidogu zanim zostanie wykorzystany do wskrzeszenia istoty, która może zniszczyć całe życie we wszechświecie.