Moim skromnym zdaniem po części jedno i drugie.

Scena z dzieckiem i jego późniejsze jedzenie jest bardzo dosłowna "Bierzcie i jedzcie z tego wszyscy. To jest bowiem Ciało moje..." Dla mnie przynajmniej to jest jedyna interpretacja. - Matka Boga.

Natomiast odnośnie samego zakończenia. Kwestie, które wypowiada Ona, że wszystko oddała i samo odebranie serca dla mnie świadczy o tym, że była to Matka Natura. Bóg "zabijający" Maryję, trochę mi nie pasuje.

Myślę, że celowo nie przypisano imion postaciom. To jest jednak wizja reżysera, dość mocno "odjechana", więc podwójna rola jest możliwa.

No i właśnie taki jest problem z tymi wszystkimi interpretacjami w trybie symbolicznym... bo skoro niektóre metafory są jasne (Bóg, Adam i Ewa, Kain i Abel, potop ze ,,zlewu"), to jednak zawsze pojawiają się wątpliwości, jak te z bohaterką J.L. albo na przykład czemu Adam i Ewa są starsi od swych stwórców?

hmm może dlatego że Adam i Ewa wciąż byli ludźmi a Bóg i Matka Natura są cóż nieśmiertelni ;) to jak dla mnie jedyny możliwy sens.

Oczywista oczywistość :)

jest jedną i drugą.

Dokładnie!