Kolejna pełnometrażowa przygoda nastoletniej Twilight Sparkle, znanej z serii "My Little Pony". Tym razem poza światem Equestrii Twilight doświadczy prawdziwych muzycznych emocji! Liceum Canterlot ma być gospodarzem wydarzenia, na którym ma zagrać zespół The Rainbooms, w skład którego wchodzą Rainbow Dash, Applejack, Pinkie Pie, Rarity i Fluttershy. Do szkoły przybywa jednak konkurencyjny zespół, The Dazzlings, który przekonuje wszystkich, by zmienić przyjazny koncert w pojedynek bandów. Po odkryciu, że nowi muzycy to nie zwyczajne dziewczyny i że mają niecne zamiary, The Rainbooms proszą Twilight Sparkle, aby powróciła do ich świata i pomogła im w wygraniu pojedynku, od którego zależą losy całego liceum.

Trzy tajemnicze dziewczyny pojawiają się w Canterlot High, gdzie zwabia je magia Twilight (finał pierwszej części: "My Little Pony: Equestria Girls"). Okazuje się, że to syreny wyrzucone z Equestrii, które żywią się negatywną energią. Hipnotyzując dyrektorkę szkoły, zmieniają coroczny przegląd kapel muzycznych w konkurs, co rozpoczyna niezdrową rywalizację wśród uczniów, ku uciesze syren. Na szczęście Sunset Shimmer przypomina sobie dawny sposób komunikowania z Księżniczką Celestią i przywołuje Twilight Sparkle, która razem z przyjaciółkami postara się przywrócić harmonię w szkole.

W przyjaźni siła! W Liceum Canterlot odbywają się muzyczne występy, podczas których przyjaciółki Rainbow Dash, Applejack, Pinkie Pie, Rarity i Fluttershy mają wystąpić ze swoim nowym zespołem The Rainbooms. Kiedy jednak pojawia się nowa grupa wokalna The Dazzlings, wesoła zabawa zmienia się w zaciekłą konkurencję o miano Najlepszego Zespołu Liceum Canterlot. Okazuje się, że dziewczyny z zespołu Dazzlings nie są zwykłymi nastolatkami, ale czarodziejskimi istotami z Equestrii, które wcale nie mają przyjaznych zamiarów. Występy muzyczne zmieniają się w walkę dobra ze złem - walkę o przyszłe losy Liceum Canterlot.
Czy księżniczce Twilight Sparkle uda się skomponować magiczną piosenkę przyjaźni, która ocali Liceum Canterlot? Czy, pomimo różnicy zdań i charakterów, dziewczyny z The Rainbooms staną zgodnie do walki ze złem? Czy siła przyjaźni znów zwycięży?