Jonathan Brandis urodził się w Danbury w Connecticut. Jego matka była nauczycielką, a ojciec dystrybutorem żywności i strażakiem. Swoją karierę aktorską zaczął w wieku 4 lat grając w reklamach. W wieku sześciu lat dostał swoją pierwszą rolę w serialu "
One Life to Live". W późniejszym okresie występował gościnnie w kilku innych serialach, między innymi "
Pełna chata" oraz "
Cudowne lata". W 1990 roku dostał główną rolę w ekranizacji powieści Stephena Kinga "
To".
W pełnometrażowym filmie debiutował w 1986 roku w "
Mystery Magical Special". Później była jeszcze bardzo dobra drugoplanowa rola w produkcji "
Ojczym 2". W 1990 roku
Brandis zagrał swoją pierwszą wielką rolę wcielając się w postać Bastiana Buxa, głównego bohatera filmu "
Niekończąca się opowieść II: Następny rozdział". Dwa lata później zagrał u boku Chucka Norrisa w produkcji "
Kumple".
W 1993 roku
Brandis zaczął pojawiać się na ekranie w futurystycznym serialu
Stevena Spielberga "
SeaQuest", gdzie zagrał postać młodego informatyka Lucasa Wolanczek. Ta rola przyniosła mu niezliczone grono fanów, głównie płci żeńskiej, a także nagrodę Young Artist Award dla najlepszego młodego aktora w 1994 roku. Z postacią Lucasa aktor utożsamiany jest do dzisiaj.
Po zakończeniu emisji serialu kariera aktora stanęła w miejscu. Co prawda można go było jeszcze zobaczyć w filmach takich jak "
Skok w ciemność" (na planie, którego poznał aktorkę i piosenkarkę
Tatyanę Ali, z którą spotykał się od 1995 do 1999) a także "
Przejażdżka z diabłem".
Oprócz aktorstwa
Brandis zajmował się reżyserowaniem filmów niezależnych oraz był autorem scenariuszy. Był także producentem i reżyserem filmu krótkometrażowego "The Slainville Boys".
12 listopada 2003 roku
Jonathan Brandis popełnił samobójstwo w swoim mieszkaniu w Los Angeles, gdzie został znaleziony przez jednego z kolegów. Według znajomych, aktor od dłuższego czasu był przygnębiony i niezadowolony z rozwoju swojej kariery oraz cierpiał na depresję. Odszedł w wieku 27 lat.