W "Deus Ex: Human Revolution" wcielasz się w Adama Jensena, byłego specjalistę ze SWAT-u, wybranego, by dopilnował bezpieczeństwa najbardziej awangardowych amerykańskich firm biotechnologicznych. Twoim zadaniem jest ochrona sekretów firmy, lecz gdy grupa komandosów włamuje się i zabija naukowców, których miałeś chronić, priorytety Twojej pracy ulegają całkowitej zmianie. Gdy zostajesz ciężko ranny podczas ataku, jesteś zmuszony do przyjęcia mechanicznych ulepszeń i prędko orientujesz się, że ścigasz cienie po całym świecie, nigdy nie wiedząc, komu możesz zaufać. W tych czasach, gdy osiągnięcia nauki zmieniają atletów, żołnierzy i szpiegów w istoty nadludzkie, komuś bardzo zależy na tym, by ewolucja ludzkości podążyła jedną konkretną ścieżką. I tę właśnie ścieżkę musisz odnaleźć. W ostatecznym rozrachunku, bowiem jedynie Twoje decyzje i wybory mogą zmienić jej bieg.

Rok 2027. Czasy, w których wielkie organizacje właściwie rządzą światem, a ludzie są mechanicznie ulepszani. Adam Jensen jest byłym antyterrorystą, zatrudnionym przez szefa Sarif Industries - Davida Sarifa, by chronił interesy najbardziej kontrowersyjnych koncertów biotechnologicznych, które usiłują uwolnić potencjał drzemiący w ludzkim DNA i wedle własnego uznania kontrolować proces ewolucji. Charakter pracy Adama zmienia się, gdy grupa purystów, ludzi przeciwnych ingerowaniu w naturę, atakuje siedzibę firmy i zabija wielu naukowców. Sam Jensen zostaje poważnie ranny, a wszczepienie sztucznych ulepszeń jest jedyną szansą na uratowanie jego życia. Musi się dowiedzieć wszystkiego o ludziach, którzy są odpowiedzialni za tę zbrodnię i powstrzymać ich.