Mimo amnezji Bourne układa sobie powoli normalne życie z ukochaną Marie u boku. Ale krwawa przeszłość znowu daje o sobie znać i Bourne ledwo uchodzi z życiem z zamachu. Musi kryć się przed nieznanym wrogiem, lecz nie jest bezbronny - wkrótce okaże się, że i on potrafi być nieuchwytny i zdeterminowany w walce.

Cierpiący na amnezję, Jason Bourne (Matt Damon) wraz z ukochaną Marie Kreutz (Franka Potente) próbuje ułożyć sobie życie, a nade wszystko zachować anonimowość. Spokój bohaterów zostaje zburzony wraz z pojawieniem się w miejscu ich zamieszkania podejrzanego mężczyzny, Kirilla (Karl Urban). Obawa i strach zmuszają Jasona i Marie do ucieczki. Bourne postanawia odkryć wymierzony w niego spisek, za którym stoi tajemnicza organizacja Treadstone, zajmująca się szkoleniem doskonałych zabójców.