Film jest niejednoznaczny. Jest całościowym zgłębieniem wiary, w której nie ma jasnych odpowiedzi.
Reżyser dyskutuje z Bogiem. Jest to żywa relacja, która pokazuje wielowymiarowość wiary.
Symbole chrześcijańskie nie są wyznacznikiem wiary, która jest w sercu.
Tytułowe "Milczenie" jest czymś pozytywnym, bo jest wolną przestrzenią daną nam od Boga, szansą na znalezienie drogi w głąb siebie, która doprowadza nas do odpowiedzi na pytania, które sami możemy rozwiązać dzięki wolnej woli i rozumowi.