Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Młoda córka dziennikarza znika bez śladu na pustyni. Po ośmiu latach załamana rodzina doznaje wstrząsu. Dziewczyna powraca, ale to, co powinno być radosnym wydarzeniem, zmienia się w koszmar na jawie.
Szeryf Ulysses odkrywa mroczne sekrety pozornie spokojnego miasteczka Normal i zostaje zmuszony, by przywrócić w nim sprawiedliwość — nawet jeśli oznacza to sięgnięcie po brutalne środki.
Arco cofa się w czasie o 850 lat, do roku 2075. To świat, w którym rządzą roboty, a natura jest w zagrożeniu. Dzięki pomocy nowo poznanej Iris bohater spróbuje odbyć jeszcze jedną podróż przez stulecia i wrócić do domu.
Po przetrwaniu śmiertelnie niebezpiecznej gry Grace i jej siostra Faith muszą wyprzedzić cztery rywalizujące ze sobą rodziny walczące o tron rady kontrolującej świat.
Film opowiada o duchowej więzi Karola Wojtyły z Matką Bożą, która miała prowadzić Jana Pawła II przez cały pontyfikat, oraz o znaczeniu objawień maryjnych.