Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Wolontariusze Czerwonego Półksiężyca otrzymują wezwanie. W Gazie w ostrzeliwanym samochodzie jest 6-letnia dziewczynka, błagająca o ratunek. Podczas gdy starają się utrzymać z nią kontakt telefoniczny, robią wszystko, by jak najszybciej dotrzeć do niej karetką.