Wcielasz się w postać hierarchy Artanisa, przywódcy potężnej rasy protosów. Wiele lat temu Twoja ojczyzna – planeta Aiur – została opanowana przez krwiożerczy Rój zergów. Teraz nareszcie udało ci się zgromadzić olbrzymią flotę zwaną Złotą Armadą i szykujesz się do odbicia Aiuru. Jednakże w tym samym czasie w sektorze Koprulu objawia się pradawne zło – Amon – które zagraża przyszłości całego wszechświata. Tylko Ty jesteś w stanie zjednoczyć frakcje protosów i pokonać siły ciemności, zanim pochłoną wszelkie życie w galaktyce.