Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Dziewiętnastoletni przestępca Tommy zostaje porwany. Jest zmuszany do resocjalizacji przez dysfunkcyjną parę Chrisa i Kathryn, którzy próbują zrobić z niego "dobrego chłopca". Tommy usiłuje znaleźć sposób ucieczki.